Ekeskolans verksamhet är en fortsättning på den specialundervisning, som startade redan 1886 i Skara.
1922 flyttades verksamheten till nya, rymliga lokaler till det, som blev ”Vårdanstalten i Lund för blinda med komplicerat lyte” och staten blev ny huvudman. Den nya blindskolans uppgift var att ge eleverna kunskap och färdigheter, som motsvarade undervisningen i dövskolan respektive skolorna för utvecklingsstörda.
Anledningen till att kravet på en ny skola växte sig starkare i slutet på 1950-talet var, att efterfrågan på platser för såväl flerhandikappade, synskadade skolbarn som vuxna ökade. Man menade att den nya skolan borde ligga mer centralt i landet och i diskussionerna fanns förslag om placering i Örebro, Gävle och Norrköping.
De första spadtagen till den nya skolan, där Örebro ansågs som lämpligaste placeringsorten, togs den 18 oktober 1963.
Den 18 november 1965 invigdes så Ekeskolan.
I Sverige fanns fram till 1 juli 2001 den enda specialskolan för barn och ungdomar med synskador och ytterligare funktionsnedsättningar – Ekeskolan i Örebro med hela landet som upptagningsområde.
Från den 1 juli 2001 bildades Specialpedagogiska Institutet. Ekeskolan blev då, från att ha varit en egen myndighet en del i den nya myndigheten.
Ekeskolan tillsammans med Resurscenter syn bildade en enhet med gemensam ledning.
Från detta datum upphörde Ekeskolan som specialskola, men de elever som var inskrivna vid denna tidpunkt hade rätt att avsluta sin skolgång på Ekeskolan. Därefter erbjöds elever i landet visstidsutbildning, som i ännu högre grad än tidigare skall vara kopplad till hemkommunen, där eleven är inskriven.
Från den 1 juli 2008 återinfördes specialskolan som en resurs inom den nya myndigheten – Specialpedagogiska skolmyndigheten.